Hóa đơn điện tử vận tải và logistics: Cước, phụ phí, đối soát

Cập nhật ngày 27/08/2026 theo quy định có hiệu lực từ 01/07/2026.

Tóm tắt nhanh

Doanh nghiệp vận tải phải xác định dịch vụ hoàn thành theo chuyến, vận đơn, kỳ đối soát hoặc điều kiện hợp đồng; phụ phí và khoản chi hộ cần tách đúng bản chất.

Kết luận áp dụng

Dữ liệu hóa đơn nên liên kết mã chuyến, vận đơn, khách hàng, tuyến, phương tiện và biên bản đối soát. Bán vé trực tiếp cho người tiêu dùng có thể thuộc luồng máy tính tiền hoặc truyền dữ liệu chi tiết theo điều kiện.

Trước khi lập hóa đơn, doanh nghiệp phải đối chiếu hợp đồng, thời điểm chuyển giao hoặc hoàn thành, dữ liệu chuyên ngành và hướng dẫn của cơ quan quản lý trực tiếp.

Căn cứ pháp lý và nguồn chính thức

Nghị định 254/2026/NĐ-CP, hiệu lực 01/07/2026.
Thông tư 91/2026/TT-BTC, hiệu lực 01/07/2026.
Hướng dẫn chính thức về thời điểm lập hóa đơn theo ngành.
Tổng hợp điểm mới do Cục Thuế công bố.
Hướng dẫn quản lý thuế hoạt động nền tảng số.

Quy trình thực hiện theo ngành

Bước 1: Phân loại vận tải, giao nhận, kho bãi và đại lý.
Bước 2: Chốt chuyến, vận đơn và phụ phí.
Bước 3: Đối soát dịch vụ do bên thứ ba thực hiện.
Bước 4: Lập hóa đơn hoặc dữ liệu giao dịch đúng luồng.
Bước 5: Lưu vận đơn, bảng kê và bằng chứng giao hàng.

Hồ sơ cần lưu

Hợp đồng, phụ lục và tài liệu xác định thời điểm chuyển giao hoặc hoàn thành.
Bảng kê, biên bản nghiệm thu, đối soát hoặc dữ liệu giao dịch chuyên ngành.
Chứng từ thanh toán, thu hộ, chi hộ và công nợ liên quan.
XML, bản thể hiện, chữ ký số, mã và phản hồi truyền nhận.
Hồ sơ điều chỉnh, thay thế, hủy và thông báo cho các bên.

Sai lầm thường gặp

Gộp mọi phụ phí vào cước không có đối soát.
Dùng ngày thanh toán thay ngày hoàn thành.
Thiếu mã vận đơn trên hồ sơ nội bộ.

So sánh quy định trước và từ 01/07/2026

Tiêu chí	Trước 01/07/2026	Từ 01/07/2026
Căn cứ hóa đơn	Nghị định 123/2020, Nghị định 70/2025, Thông tư 32/2025.	Nghị định 254/2026 và Thông tư 91/2026.
Nguyên tắc	Lập khi bán hàng hoặc hoàn thành dịch vụ theo trường hợp.	Tiếp tục nguyên tắc nghiệp vụ, áp chuẩn dữ liệu và kết nối mới.
Điểm ngành	Áp dụng quy tắc chuyên ngành và hồ sơ giai đoạn trước.	Quy định cũ cho phép một số dịch vụ lập theo kỳ đối soát. Thông tư 91/2026 tiếp tục hướng dẫn các trường hợp dịch vụ có dữ liệu giao dịch chi tiết và cách chuyển dữ liệu.
Đối soát	Thường dựa chứng từ và bảng kê nội bộ.	Cần liên kết dữ liệu giao dịch, XML và phản hồi truyền nhận.

Ví dụ thực tế

Tình huống: Một lô hàng có cước chính, phí nâng hạ và phí hãng tàu trả hộ phải tách khoản doanh thu của doanh nghiệp với khoản chi hộ có ủy quyền.

Nguyên tắc xử lý: Xác định đúng bản chất khoản thu, chủ thể bán và mốc hoàn thành; không dùng ngày thanh toán thay thế máy móc cho thời điểm lập hóa đơn.

Câu hỏi thường gặp

Có được đợi khách thanh toán mới lập hóa đơn không?

Không mặc nhiên. Phải áp dụng thời điểm bán hàng, hoàn thành dịch vụ, thu tiền hoặc kỳ đối soát theo đúng trường hợp của pháp luật.

Có được gộp nhiều dịch vụ vào một dòng không?

Chỉ khi vẫn phản ánh trung thực và đủ căn cứ. Các cấu phần khác thuế suất, chủ thể hoặc thời điểm nên tách để đối soát.

Khoản thu hộ có phải doanh thu không?

Phải xét hợp đồng, chủ thể chịu chi phí, chứng từ gốc và khoản phí hưởng. Tên gọi nội bộ không quyết định bản chất thuế.