Trong bối cảnh hóa đơn điện tử (HĐĐT) đã trở thành yêu cầu bắt buộc theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP và được cập nhật mới tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP, nhiều doanh nghiệp có quy mô lớn, hoạt động đa chi nhánh đang gặp không ít thách thức trong quá trình quản lý HĐĐT. Với số lượng giao dịch lớn, trải dài trên nhiều khu vực địa lý, việc đồng bộ hóa dữ liệu, đảm bảo tính hợp lệ và kiểm soát chặt chẽ hóa đơn phát hành là bài toán không đơn giản. Vậy cụ thể doanh nghiệp sẽ gặp phải những khó khăn gì và giải pháp nào để khắc phục hiệu quả?
1. Những khó khăn khi quản lý hóa đơn điện tử trong mô hình nhiều chi nhánh
Thứ nhất, vấn đề phân quyền sử dụng và kiểm soát hóa đơn giữa các chi nhánh là rào cản phổ biến. Mỗi chi nhánh có thể có bộ phận kế toán riêng, chịu trách nhiệm lập hóa đơn theo từng nghiệp vụ phát sinh. Nếu doanh nghiệp không thiết lập rõ quyền hạn, phạm vi sử dụng, dễ xảy ra tình trạng lập trùng số hóa đơn, thiếu kiểm soát nội dung hoặc xảy ra sai sót nhưng không được phát hiện kịp thời.
Thứ hai, việc đồng bộ dữ liệu hóa đơn giữa chi nhánh và trụ sở chính thường không liền mạch. Nhiều doanh nghiệp vẫn sử dụng các phần mềm riêng lẻ tại từng chi nhánh mà không kết nối qua một hệ thống trung tâm. Điều này khiến việc tổng hợp, báo cáo thuế và lưu trữ dữ liệu trở nên manh mún, tốn thời gian và dễ xảy ra sai lệch giữa báo cáo nội bộ và dữ liệu gửi cơ quan thuế.
Thứ ba, một số doanh nghiệp chưa hiểu rõ quy định pháp lý về việc ủy quyền lập hóa đơn cho chi nhánh. Theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP, chi nhánh được phép sử dụng hóa đơn điện tử nếu được doanh nghiệp ủy quyền rõ ràng và khai báo trên hệ thống đăng ký sử dụng hóa đơn. Việc thiếu đăng ký hoặc khai sai thông tin ủy quyền có thể dẫn đến tình trạng hóa đơn lập ra không hợp lệ, ảnh hưởng đến tính pháp lý và việc khấu trừ thuế.
Thứ tư, các lỗi phát sinh khi xử lý hóa đơn sai sót tại chi nhánh thường chậm được khắc phục do phụ thuộc vào sự phối hợp với trụ sở chính hoặc phòng kế toán trung tâm. Điều này ảnh hưởng đến thời gian điều chỉnh, hủy, thay thế hóa đơn sai, kéo theo nguy cơ bị xử phạt do nộp dữ liệu trễ, chậm khắc phục lỗi.
2. Giải pháp khắc phục – Hướng đến quản trị đồng bộ, minh bạch
Trước những thách thức trên, doanh nghiệp cần chủ động xây dựng mô hình quản lý hóa đơn điện tử tập trung – phân quyền rõ ràng, vừa đảm bảo sự chủ động của chi nhánh, vừa giữ được sự kiểm soát từ trụ sở chính.
Giải pháp đầu tiên và quan trọng nhất là triển khai phần mềm hóa đơn điện tử có tính năng quản lý đa chi nhánh. Các phần mềm chuyên dụng hiện nay đã cho phép doanh nghiệp thiết lập cấu trúc phân quyền theo từng cấp: chi nhánh – phòng ban – người dùng. Nhờ đó, mỗi chi nhánh có thể phát hành hóa đơn theo phạm vi được phân công, đồng thời trụ sở chính có thể theo dõi toàn bộ dữ liệu theo thời gian thực, hạn chế rủi ro thất thoát và sai lệch.
Tiếp theo, doanh nghiệp cần cập nhật đầy đủ thông tin về chi nhánh trên hệ thống đăng ký hóa đơn điện tử với cơ quan thuế, bao gồm mã số thuế, địa chỉ, người đại diện và phạm vi ủy quyền lập hóa đơn. Việc này giúp đảm bảo tính hợp lệ pháp lý của hóa đơn do chi nhánh phát hành và tránh bị truy thu hoặc từ chối khấu trừ thuế về sau.
Về mặt quy trình nội bộ, nên xây dựng bộ tài liệu hướng dẫn sử dụng hóa đơn điện tử thống nhất toàn hệ thống. Các lỗi thường gặp và quy trình xử lý sai sót (lập hóa đơn điều chỉnh, thay thế, thông báo sai sót...) cũng cần được chuẩn hóa và đào tạo cho nhân sự kế toán tại chi nhánh. Điều này giúp phản ứng nhanh khi có sự cố và tiết kiệm thời gian điều phối giữa các bộ phận.
Ngoài ra, doanh nghiệp nên tổ chức kiểm tra định kỳ việc sử dụng hóa đơn tại từng chi nhánh. Việc so sánh giữa dữ liệu trên phần mềm kế toán – bán hàng và dữ liệu hóa đơn điện tử giúp phát hiện kịp thời các hóa đơn chưa lập, lập sai hoặc lập trùng, từ đó nâng cao độ chính xác và đồng bộ trong quản lý tài chính – thuế.
Cuối cùng, để tránh lệ thuộc vào yếu tố con người, doanh nghiệp có thể xem xét tích hợp hệ thống hóa đơn điện tử với phần mềm ERP, CRM hoặc hệ thống quản lý đơn hàng. Việc này giúp tự động hóa quá trình lập hóa đơn theo đơn hàng phát sinh, đồng thời giảm thiểu rủi ro thao tác sai sót khi nhập liệu thủ công tại từng chi nhánh.
